Nizak omjer A260/A230 obično je uzrokovan nečistoćama s maksimalnom valnom duljinom apsorpcije na 230 nm.Pogledajmo što ove nečistoće uključuju:

• Uobičajeni zagađivači	Valna duljina apsorpcije	Učinak omjera
  Protein	~230nm i 280nm	Istodobno smanjenje A260/A 280i A260/A 280omjeri
  Gvanidinska sol	220-240 nm	Smanjite A260/A 280omjer
  Fenol	~270 nm	-
  Trizol	~230nm i 270nm	Smanjite A260/A 280omjer
  EDTA	~230 nm	Smanjite A260/A 280omjer
  Etanol	230-240 nm	Smanjite A260/A 280omjer

 
 
 
Valna duljina apsorpcije i vrijednost kontrasta uobičajenih zagađivača

Pkontaminacija roteinom
Onečišćenje proteinima može se smatrati najčešćim onečišćenjem u procesu ekstrakcije nukleinskih kiselina.Protein postoji između gornje i donje vodene fazeorganskifaza .Onečišćenje će istovremeno smanjiti omjer A260/A280 i A260/A230, a omjer A260/A230 promijenit će se očitije nego omjer A260/A280.
Tijekom naknadnihobrnuta transkripcijaor qPCR reakcije, proteinski ostaci mogu inhibirati ili ometati funkciju enzima.Najbolji način da se izbjegne kontaminacija proteinima je imati na umu načelo "radije manje nego više, mala količina više puta" prilikom aspiracije supernatanta.

2. Onečišćenje gvanidinijem
hidroklorid (GuHCl) i gvanidin tiocijanat (GTC) imaju učinak denaturacije proteina, koji mogu brzo uništiti stanične membrane tijekom procesa ekstrakcije nukleinske kiseline, uzrokujući denaturaciju i taloženje proteina.Valna duljina apsorpcije GuHCl i GTC je između 220-240 nm, azaostala gvanidinijeva sol smanjit će omjer A260/A230.Iako će zaostala gvanidinijeva sol smanjiti omjer,utjecaj na nizvodne eksperimente zapravo je zanemariv.

3. Trizol kontaminacija
Glavna komponenta Trizola je fenol.Glavna funkcija fenola je liza stanica i oslobađanje proteina i tvari nukleinskih kiselina u stanicama.Iako fenol može učinkovito denaturirati proteine, ne može potpuno inhibirati aktivnost RNaze.Stoga se 8-hidroksikinolin, gvanidin izotiocijanat, β- merkaptoetanol, itd. dodaju TRIzolu za inhibiciju endogene i egzogene RNaze.
Prilikom ekstrakcije stanične RNK, Trizol može brzo lizirati stanice i inhibirati nukleazu otpuštenu iz stanica, a rezidualni Trizol će značajno smanjiti omjer A260/A230.
Način obrade: Kod centrifugiranja treba imati na umu da je fenol u Trizolu lako topiv u vodenoj fazi pod uvjetom od 4° i sobne temperature.

4. Ostatak etanola
Etanol se koristi u završnom procesu za taloženje DNK uz otapanje iona soli koji bi mogli biti vezani za DNK.Najveća valna duljina apsorpcijevrhunac apsorpcijeetanol je također na 230-240 nm, štotakođer će smanjiti omjer A260/A230.
Metoda izbjegavanja ostataka etanola može se ponoviti dva puta tijekom konačnog ispiranja, upuhivanjemdimovodna komoradvije minute kako bi etanol potpuno ispario prije dodavanja pufera za eluiranje.
Međutim, treba znati da je omjer samo evaluacijski indeks kvalitete RNK.Ako su gore spomenute radnje strogo regulirane, odstupanje između omjera i standardnog raspona neće imati veliki utjecaj na nizvodne eksperimente.
Povezani proizvodi:
Komplet za izolaciju ukupne životinjske RNK
Set za izolaciju ukupne biljne RNK
Cell Total RNA Isolation Kit
Plant Total RNA Isolation Kit Plus